La Organización de la Universida de Cádiz se estructura en torno al Equipo de Gobierno en 16 Facultades y Escuelas (centros propios), 2 Centros adscritos, 39 Departamentos,   6 Centros de Investigación, 4 Aulas Universitarias, 10 Cátedras, asi como otros Centros: Escuela de Doctorado de la Universidad de Cádiz, Escuela Internacional de Doctorado en Estudios del Mar, Escuela Internacional de Doctorado en Agroalimentación, el Centro Superior de Lenguas Modernas, la Escuela de Medicina de la Educación Física y del Deporte y el Instituto Andaluz Interuniversitario de Criminología.

Completan la estructura organizativa el conjunto de Unidades Administrativas y de Servicios prestados a la Comunidad Universitaria.